ciao,

una mia proposta, impacchetti l'avviso in un DIV e con CSS lo rendi invisibile:

Codice PHP:
<div id="avviso" style="visibility:hidden">Prego attendere...</div
poi nel button di submit o nel form che fa l'update sul tuo server remoto, in JS gli dici di far apparire il button che prima era invisibile:

Codice PHP:
function stampaavviso()
{
    if (
document.getElementById)
    {
        
document.getElementById("avviso").style.visibility "visible";
        return 
true;
    }

in questo modo, non appena clicchi sul button submit, apparirà subito l'avviso e vi rimarrà fino a quando il tuo scritto in PHP non avrà completato l'FTP, poi penso avrai un redirect su una schermata in cui appare che l'upload è stato effettuato con successo.

ciao