Intanto chi ti dice che quelli siano millisecondi (?) ... un contatore e' un semplice valore numerico che aumenta in base all'esecuzione di un numero di istruzioni la cui durata non e' determinabile e dipenda comunque dal clock della CPU ...

A parte questo, la sincronizzazione con un processo esterno si fa facendo controllare l'handle del processo alla API WaitForSingleObject (di cui abbiamo parlato nel forum).

Ma, meglio di tutto, dovresti cercare di scrivere nel codice quello che fai nel .bat ... se si tratta di semplici copie, puoi scrivere semplice codice VB ... cosa contiene il .bat?