non è che sia molto chiaro cmq puoi usare la funzione
http://it.php.net/manual/it/function.nl2br.php
per sostituire il valore oppure
usare la funzione
$str = str_replace(chr(13),".",$new_comunicazione);

da provare se l'invio corrisponde a chr(13)+chr(10) o a solo chr(13)