Qui hai una breve carta di comparazione

http://swik.net/MySQL/MySQL+vs+MS+SQL+Server

Poi a mio modesto parere, MSSQL deve essere installato su una macchina Windows... e a me PHP piace installato su macchina Linux (altro discorso se dovessi programmare in .NET), per cui il discorso per me si chiude: PHP su Linux e di conseguenza database MySQL.