Già: il tuo problema è che Il browser è una scatola da cui le applicazioni che vi girano (flash, java, javascript, vbscript etc etc) non possono uscire... normalmente. A certe non è proprio dato di uscirne, ad altre (tipo controlli activex e signed applet) sì... sotto certe condizioni. In altre parole dovresti scrivere un mini-server in java da installare sulle macchine su cui attivare la condivisione e l'applet per effettuare le operazioni in maniera "grafica" (potresti anche scrivere un'applicazione stand-alone ed evitare il browser direttamente). Oppure puoi vedere se esiste qualche desktop remoto già pronto (sempre sottoforma di applicazione java/signed-applet) da utilizzare.