Codice PHP:
if ($nick ==  $user_check) ... 
$nick è una stringa, $user_check è un numero.

Codice PHP:
...
$sql_user_check = mysql_query("SELECT username FROM users WHERE username = '$nick'");
$row = mysql_fetch_array($sql_user_check); // Ipotizzando che ci sia solo 1 riga
$user_check = mysql_num_rows($sql_user_check);
if($user_check == 0)
{
echo"Il nome utente inserito non esiste in questo server";
}
if ($nick ==  $row["username"]) // anche se è scontato perchè la condizione WHERE della query lo impone
{
//$ username la prendo da checkuser.php che controlla chi sono
$sql_messaggio = mysql_query("insert into messaggi (ora, id_recipient, mex, id_sender) values('$ora', '$nick', '$messaggio', '$username'");
echo"messaggio inviato";
}
... 
Intendo però la variabile $username come il NOME e non l'ID dell'utente.