allora jar.exe è un eseguibile, al pari di javac.exe e java.exe e come eseguibili niente hanno a che vedere con il CLASSPATH che è una variabile d'ambiente (java): se vuoi raggiungere un eseguibile attraverso il solo nome da qualsiasi cartella del computer (in shell, si intende) devi aggiungere il percorso all'eseguibile (o alla cartella che lo contiene) alla variabile d'ambiente (windows) PATH. La puoi settare facendo click dx su risorse del computer - >proprietà -> avanzate -> variabili d'ambiente (bottone in basso)