Io non l'ho trvato vuoto, ci sono esempi di configurazione.
Sicuro che il file, seppure vuoto, ci fosse già e non lo hai creato tu? In tal caso dovrebbe funzionare lo stesso.

Io ho usato ubuntu sotto gnome, magari in mandriva xbindkeysrc viene salvato in una sottocartella della home directory... prova a fare una ricerca sul tuo sistema e vedere se il file si trova da qualche altra parte.