il database per salvare dei files lo vedo un passaggio in più e anche un collo di bottiglia: per accedere ad un file devi accedere a mysql che deve accedere al file system. Con anche il percorso inverso. Rimango dell'idea che un paio di accorgimenti sia la soluzione migliore. Al massimo nel database tieni salvati i metadati di ciascun file per una migliore consultazione...


per il resto limiti di mysql sulla dimensione della tabella sono più che altro legati al sistema operativo, come puoi leggere qui http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/en/full-table.html