L'operazione la puoi lanciare dove vuoi tu, l'importante è che le librerie di AXIS siano nel classpath.
La directory in cui ti trovi non è importante perchè per default AdminClient cerca di connettersi all'installazione di AXIS che dovresti aver fatto su Tomcat, cioè tenta di connettersi via http al 127.0.0.1 (localhost) porta 8080. Questi valori potrebbero essere modificati attraversto alcune opzioni da passare ad AdminClient ... ma credo che per te non ce me sia bisogno se stai seguendo passo passo la tua guida.