Dipende tutto dalla libreria che utilizzi per leggere il documento XML.
Ad ogni modo, per poter operare la modifica che richiedi (cancellazione di un nodo, in sostanza) è necessario riscrivere (ricostruire) l'intero XML saltando il nodo che non ti interessa.
Se non c'è un metodo già previsto nella libreria che utilizzi, dovrai farlo tu a mano.


Ciao.