Sì, so come si fanno i "servizi di sistema" ... ma non è che li faccio tutti i giorni ...

In sostanza, un servizio di sistema ha delle proprietà particolari tra cui la possibilità di avere privilegi anche più alti rispetto agli utenti e il fatto che viene avviato prima che compaia la finestra di login degli utenti.
Tipicamente un servizio si occupa di effettuare operazioni in background, senza alcun interfacciamento diretto con l'utente (es. uno spooler di stampa, un server web, un servizio di rete, ecc...).

Per realizzare un eseguibile che possa girare come servizio di sistema bisogna usare delle API apposite, poiché ci deve essere un interfacciamento tra l'eseguibile e il SCM (Service Control Manager). In pratica vuol dire che una applicazione deve essere pensata e scritta appositamente per poter funzionare come servizio.

La documentazione ufficiale sui servizi si trova su MSDN:
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms685141.aspx

Purtroppo al momento non ho un sorgente di "base" per realizzare un servizio. Se riesco velocemente a scriverne uno, lo posto.