Nel popup metti un codice come questo:

codice:
chiudi
la seconda istruzione JS come intuisci chiude il popup, mentre la prima:

codice:
window.opener.location.href='http://www.google.it/
esegue il redirect alla pagina specificata (google.it) grazie al riferimento che il popup tiene sempre con la finestra genitrice tramite il percorso window.opener.

N.B.
Nel codice non mettere java-script con il trattino in mezzo come appare, è solo un meccanismo di sicurezza di questo forum.