Il fatto che il meta tag sia HTML non conta, l'output di una pagina dinamica, che sia PHP, ASP o altro è (quasi) sempre HTML.

Io ti ho consigliato queste due soluzioni perchè mi sembrava di aver capito che non volessi che lo spider di Google indicizzase la pagina e basta.

Se vuoi che anche l'output non sia visibile allora basta che metti tutto il codice JS tra:

codice:
<!--
codice JS
//-->
L'invio dell'header è sicuramente un'opzione, ti consente di inviare il file PHP al client come se fosse un file JS, cosa che si può fare anche per i CSS o per le immagini.