Se la pagina da cui hai aperto la popup ha un form i cui dati vanno rispediti, devi fare il submit di tale form. Altrimenti basta un refresh della pagina. Nello specifico, prima del window.close() nella finestra popop scrivi:

codice:
Se devi reinviare i dati del form:
if (window.opener) window.opener.document.getElementById("ID_FORM").submit(); // ID_FORM è l'id del form di cui devi fare il submit

Se devi semplicemente aggiornare la pagina:
if (window.opener) window.opener.location.reload();
In entrambi i casi, l'if controlla se esiste un oggetto opener. Se l'utente ha chiuso la finestra principale dopo aver aperto la popup, opener non esiste più e quindi lo script di aggiornamento della finestra principale non viene eseguito, evitando errori.