Prima di tutto, spero che tu stia usando swing e non awt (mi preoccupa "Frame" invece di "JFrame"...). Comunque, per fare in modo che la finestra sottostante resti "bloccata" dalla nuova finestra devi usare una JDialog modale. Ti conviene lavorare con le API e il tutorial su swing sottomano: sono tutte domande "elementari" a cui trovi risposta lì.

API: http://java.sun.com/javase/6/docs/api/
Swing tutorial: http://java.sun.com/docs/books/tutor...ing/index.html