inserire codice php all'interno di javascript

[Andrea1979]

Se non vuoi incasinarti troppo con gli escape (degli apici), puoi fare direttamente:

<?php
  if($_GET['sendMessage']=="yes") {?>
  <script language="javascript" type="text/javascript">
    alert("<?php echo($alert[0]);?>");
  </script>
<?php
  }
?>

Chiaramente dentro l'if puoi cacciarci tutto il javascript che vuoi.
PS: usa i tag appropriati ossia <?php anzichè <? e cerca di evitare la sintassi <?= al posto di echo, non fanno bene al tuo codice.