Ciao scusa se rispondo solo ora.
Cmq se ho capito bene potresti fare una cosa del genere :
Codice PHP:
while($record = mysql_fetch_array($result)) {
 $config[$record['nomevar']] = $record['valorevar'];
} 
Questo ciclo lo metti dentro il file incluso da require_once, in questo modo basta soltanto una volta l'inclusione delle variabili prese dal db.
Ciao