il problema e' che quando apri una popup e vi assegni il nome 'mywindow'
poi puoi caricare in essa quello che vuoi, il nome resta;
fai un "giro" e si ritroverebbe a riaprire e chiudere sempre finestre con nome 'mywindow':
quindi il comportamento che suona strano e' giustificato

prova con un '_blank' invece che 'mywindow', dovresti ottenere finestre sempre "diverse"

P.s. occhio che questo che fai qui:
Originariamente inviato da g.bianchi
opener.opener=opener; opener.close();
che a te sembra fare quello che deve, puo' darti problemi in seguito e non funzionera' su molti browser,
oltre ad essere palesemente una forzatura sintattica e' un' imposizione della tua volonta' da sviluppatore sulla volonta' dell' utente.. spero sia chiaro a cosa mi riferisco