aggiorno la situazione.
ho trovato un po' di informazioni in giro
Ho provato proprio adesso:
nel file .bashrc (che a quanto pare bisogna modificare per settare la variabile java) ho inserito questa riga:

JAVA_HOME="/usr/lib/j2re1.6-sun"
export JAVA_HOME

in quanto java a me si trova qui:
/usr/lib/j2re1.6-sun
ma ottengo questo errore dalla shell:

exec: 3: /usr/lib/j2re1.6-sun/jre/bin/java: not found

Non ho capito.
devo inserire nel file bashrc il percorso alla cartella principale o all'eseguibile.
Nella cartella java ci sono tante altre cartelle tra cui la bin con dentro ad esempio i file

java,java_vm, javaws ecc

Spiegatemi un po' per piacere.
Grazie