Se il programma è complesso ed è composto da molti file sorgente e altre risorse conviene gestirlo come progetto Visual C++ . La compilazione dovrebbe appunto crearti un eseguibile nella sottodir Debug oppure Release.

Se è semplice puoi anche compilarlo da linea di comando con

cl NOMEFILE.c

Il compilatore e il linker ti creano i file obj e il file exe.

Ad ogni buon conto ti consiglio di scaricare la MSDN Library dal sito della Microsoft (è gratis) dove hai la documentazione completa con tutto ciò che ti serve per sviluppare con i tools MS.

Buon lavoro.
Ciao.