Ma vuoi solo togliere gli eventuali spazi?

poniamo che tu abbia i files in /files/ e li vuoi mettere in /file_ordinati/{lettera}

codice:
$dir_partenza = '/files/';
$dir_destinazione = '/files_ordinati/';
$elenco_files  = glob($dir_partenza.'*');


foreach($elenco_files as $file) {

  $path_parts = pathinfo($file);
  $nome_file = $path_parts['basename']
  $nome_file = str_replace(' ', '_', $nome_file);

  $iniziale_file = strtoupper($nome_file{0});

  $final_dest = $dir_destinazione.$iniziale_file;

  if(!is_dir($final_dest)) {

     mkdir($final_dest);

  }

  rename($file, $final_dest.'/'.$nome_file);

  $query = "INSERT.....";

 
}