Io penso che si possa fare un controllo attraverso lastIndexOf...
Tu catturi il vaolre in una variabile...poi controlli che nella variabile sia compresa una virgola...
Prova così:

<input type="text" name="text">
<input type="button" value="Clicca" onClick="funzione()">
</form>

<script type="text/javascript">
<!--
function funzione() {
var valore = document.form.text.value;
if(valore.indexOf(',') > -1) {
var valore_ = valore.lastIndexOf(',');
}
else {
alert('il valore non è corretto! Inserire una virgola!');
return false;
}

if(valore_ == 2) {
alert('Il tuo valore è corretto');
}
else {
alert('il tuo valore non è corretto');
return false;
}
}

</script>