innanzitutto, come suggerito da Devil1988, le devi chiamare name="id[]"

poi nella pagina successiva fai cosi:

$arrayId=$_POST['id'];
for ($i=0; $i<count($arrayId); $i++)
{
mysql_query ("DELETE from preferiti WHERE id='$arrayID[$i]' ") or die (mysql_error());
}

fammi sapere