Se il browser ti propone di scaricare il file invece di eseguirlo è un chiaro problema di settaggio del web server.

Se il web server è apache bisogna accertarsi che nel file httpd.conf o apache2.conf vi siano, più o meno, le seguenti righe:

LoadModule cgi_module modules/mod_cgi.so

ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/cgi-bin/"

<Directory "/var/www/cgi-bin">
AllowOverride none
Options +ExecCGI
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>