Se il tempo che devi misurare è inferiore alla precisione di macchina (cambia da macchina a macchina) ti conviene fare delle ripetizioni dell'algoritmo in modo tale che il tempo misurato sia superiore al tempo minimo misurabile e poi fare una media.
codice:
double start,media,end;
int ripetizioni=20;

for (i=0;i<ripetizioni;i++){
start= clock();
  algoritmo();
end=clock();
media=media+(end - start) / CLOCKS_PER_SEC
}
mediafinale=media/ripetizioni;