Se ho capito bene il problema, tutto deriva dal fatto che hai inserito tutto in una tabella allineata al centro. Quando crei un bottone con menu a tendina in fireworks, lui considera l'allineamento 0-0, cioè la tendina inizia a calare da tanti pixel in alto e tanti pixel a sinistra. Se nell'impaginazione cambi la posizione non torna più niente lui continua a contare dallo 0-0. Sul sito Macromedia trovi alcuni rimedi (pop up motivator - o cambi il javascript)