Un'idea potrebbe essere quella di salvare all'interno di alcune variabili il contenuto della checkbox. O di un qualsiasi altro filtro di ricerca.

poi potresti costruire la WHERE della query in questo modo:

Codice PHP:
if ($filter1 <> '')
{
    if (
$whrclause == '')
    {
        
$whrclause ' where ';
    }
    else
    {
        
$whrclause trim($whrclause) . ' and ';
    }
    
$whrclause $whrclause " tabella.campo = $filter1";

E così via per tutti i filtri