Per porre il proprio sito all'interno di uno dei due WebServer è necessario copiare i file (HTML, JSP, PHP, ...) all'interno della directory che poi verrà resa pubblica. Guarda le configurazioni per capire qual è la directory che poi verrà pubblicata.

Quello che ancora non ti è chiaro è che il Server che accetterà le richieste di connessione da parte dell'applet non è necessariamente un'applicazione web, ma può trattarsi benissimo (e lo è nel 90% dei casi) di una applicazione stand-alone da lanciare come una qualsiasi altra applicazione (se lo scrivi in java puoi creare il JAR e lanciarlo con un doppio clic, se lo scrivi in C creerai il relativo EXE, ecc), che non sa nulla dell'esistenza di un WebServer e di un sito.
Ciò che è importante è che questa applicazione che funge da Server per l'applet sia sulla stessa macchina fisica dove c'è anche il sito.


Faccio notare che questa discussione, oltretutto, è off topic, perchè non si riferisce puramente a Java, ma riguarda concetti di base sui WebServer e sulle architetture di Rete. Essendo, però, legata ad una discussione riguardante le applet Java, la mantengo qui.


Ciao.