Penso che il metodo scelto non sia quello più adatto.

Partiamo dal presupposto che il tuo menu.lst sia corretto e che per qualsivoglia motivo il bootloader sull'mbr debba essere reinstallato.
Fai il boot da live.

Apri una console e da utente root digita

grub

ti comparira una specie di shel con il prompt ">" e poi digita

> root (hd0,5)
> setup (hd0)
> quit

La prima istruzione dice dov'è installato linux (imposta la tua partizione)
la seconda dice dove installare il boot loader (hd0 è l'mbr ma potersti scegliere una partizione)
Esci.