Beh, dipende da come hai strutturato il tuo progetto. Se e' composto da un unico maxiFile, devi riscaricare il file. Piu' e' modulare, piu' e' facilmente aggiornabile (si tratta sempre di sostituire un file, ma piu' sono i file, piu' le loro dimensioni sono piccole). I file di aggiornamento potrebbero essere dei mini archivi zip contenenti il/i nuovo/i file e un file con nome determinato(tipo UPDATE.MF) che contiene le info(scritte in un formato da te stabilito) su dove scrivere questi file all'interno della cartella del progetto. Potresti fare un modulo che si connette al tuo sito, verifica la presenza di aggiornamenti non ancora istallati, li scarica, apre l'archivio legge il file UPDATE.MF e sostituisce i file.