Allora, il principio base di quell'articolo è che il javascript non dovrebbe MAI essere usato per qualcosa di cruciale, e dovrebbe essere sistemato in modo che non infici la qualità della struttura del documento.

Detto questo, quel che vuoi fare non ha tanto senso: se la chiamata alla funzione AC_FL_??? è NECESSARIA (non mi hai ancora detto a che serve, tra l'altro) allora non ha nessuna importanza farla sparire dal codice sorgente della pagina (cosa che tralaltro si fa molto semplicemente mettendola in un file esterno.js che poi richiami con <script src="esterno.js"></script>) perchè comunque risulterà inficiata la funzionalità del sito se js non funziona...

Se invece non è necessaria, beh, allora perchè non fare in modo che sia direttamente il filmato flash a fare ciò che deve, semplicemente di conseguenza al fatto che viene caricato?