Sì, ci pensa in automatico il sistema operativo durante la formattazione (ma, attenzione, se non sbaglio bisogna effettuare una formattazione completa) e durante gli scandisk (o chkdsk che siano). In ogni caso se si è danneggiato un così alto numero di cluster e tutti in un'unica zona è quasi sicuro che il disco ha qualcosa che non va, per cui ti consiglio vivamente di cambiare disco fisso se non vuoi perdere man mano tutti i tuoi dati.