Non disinstallare ubuntu cmq, così poi puoi farci i benchmark
Cmq non saprei dirti quanto possa andare più veloce, non ho mai usato gentoo per le compilazioni di per se, ma per la gestione del sistema (e l'init bsd-like) e per la potenza di portage.
Un consiglio, se davvero vuoi procedere con gentoo, leggi e rileggi il manuale di installazione ufficiale che trovi su gentoo docs: http://www.gentoo.org/doc/it/handbook/index.xml, niente roba non ufficiale.