non ho capito molto la situazione, comunque:

Quando fai l'upload il proprietario è l'utente con cui gira apache (il web server).

Quindi se i permessi sono impostati a 600 vuol dire che l'utente con cui gira apache ha permessi di lettura e scrittura sul file, quindi deve poterli leggere sia oggi che domani.

Per quanto riguarda la differenza tra i permessi dei files che vengono uploadati via ftp non ti devi preoccupare, perchè il permesso 644 vuol dire che l'utente diverso dall'utente ftp può leggere il file.

In ogni caso dovresti avere permesso di lettura su tutti i files.

Piuttosto, chi è il proprietario della dir in cui vanno a finire i files uploadati? che permessi ha?

ciao