Per le applicazioni ayax based senza toolkit, devi in ogni tag <ScriptManager> mettere appunto la property ScriptPath.
Un mio scriptmanager:
codice:
<asp:ScriptManager ID="sm" runat="server" ScriptMode="Release" ScriptPath="~/Scripts"></asp:ScriptManager>
Nella cartella scripts devi copiare la cartella "System.Web.Extensions" e il suo contenuto che troverai nella cartella: "C:\Programmi\Microsoft ASP.NET\ASP.NET 2.0 AJAX Extensions\v1.0.61025\MicrosoftAjaxLibrary" o equivalente in inglese.
Fatto questo i file utilizzati saranno quelli presenti nella cartella scripts e non più quelli caricati dal webservices "webrequest.axd".
Per i toolkit, io non l'ho mai fatto ma puoi impostare il percorso per ogni controllo utilizzando il file javascript che trovi nei file da compilare negli esempi.
Se fai una breve ricerca trovi spiegazioni esaustive.

Ciao.
Legnetto