se ho ben capito hai un div a sinistra e un div in alto come header; il terzo deve riempire il resto della pagina no?

in tal caso allora se ad esempio il div di sinistra è largo il 10% della fienstra e si trova a 5% dal bordo devi mettere qualcosa tipo

Codice PHP:
.content {
position: absolute;
left: 20%;
color:#333;
background:#ffc;
border:1px solid #333;
padding:0 10px;
height: 100%;
} 
il left sarebbe la somma di 5%+10%+5% (lo spazion fra il div di sinistra e il nuovo

allo stesso modo se vuoi mettere un footer in fondo alla pagina evita il height: 100% nel div di sinistra e nel content ma mettilo nel footer.