La proprieta' ID di un oggetto DEVE essere univoca... nel tuo caso pero' puoi scorrere gli elementi della collezione document.nomeForm.Select2
ciaocodice:for (var i=0;i<document.nomeForm.Select2.length;i++) { var el = document.nomeForm.Select2[i] // controlla, gestisci, fai tu el.checked = false; }