La proprieta' ID di un oggetto DEVE essere univoca... nel tuo caso pero' puoi scorrere gli elementi della collezione document.nomeForm.Select2
codice:
for (var i=0;i<document.nomeForm.Select2.length;i++) {
  var el =  document.nomeForm.Select2[i]
  // controlla, gestisci, fai tu
  el.checked = false;
}
ciao