Se ho capito bene puoi fare cosi:

str='aaaaaaaraaaa'

Dunque io so che 8° carattere è una r e la voglio sostituire con una T.

str1 = str.substring(0,9); //str1 = 'aaaaaaa'
str2 = str.substring(9,str.length); //str2 = 'aaaa'

StrFinale = str1 + 'T' + str2;

Prova e fammi sapere
Ciao