Prova con una cosa del genere prima di disattivare il server:

codice:
if IndyTCPServer.Contexts <> nil then
    begin
        with IndyTCPServer.Contexts.LockList do
        try
            for i := 0 to Count - 1 do TIdContext(Items[i]).Connection.Disconnect(False);
        finally
            IndyTCPServer.Contexts.UnlockList;
        end;
    end;