per nascondere gli elementi con javascript puoi fare così

document.getElementById('nomeDiv').style.display = "none";

anzi visto che comunque utilizzi prototype anche così:

Element.hide('nomeDiv');

Con questi metodi al caricamento della pagina i div da nascondere saranno pero' visibili per qualche frazione di secondo finchè non sarà caricato lo script, come saprai già.

Mi vengono dei dubbi di non aver capito bene cosa devi fare, comunque posta il codice usato o l'esempio online così vediamo meglio.