Creata a solo scopo didattico...
codice:
<script>
var percorso = "http://www.pincopallo.it/uno/due/tre/quattro.htm"
var nuovo = "../cinque/sei.htm"
// prendo il vecchio percorso ed elimino il nome pagina 
percorso = percorso.substr(0,percorso.lastIndexOf("/")+1);

// spezzo il nuovo
var pezzin = nuovo.split("/");
// per ogni porzione del nuovo...
for (var indb=0;indb<pezzin.length;indb++) {
	if (pezzin[indb]=="..") {
		// tolgo l'ultima sottocartella dal percorso
		percorso = percorso.replace(/\/$/,"");
		percorso = percorso.substr(0,percorso.lastIndexOf("/")+1);
	} else {
		// aggiungo
		percorso = percorso+pezzin[indb]+"/";
	}
}
// tolgo l'eventuale barra finale
percorso = percorso.replace(/\/$/,"");
alert(percorso)
</script>
Non e' ottimizzata e neppure la migliore soluzione...

ciao