Con un comando echo (o print) stampi il codice html che richiama l'swf da inserire nella pagina.
Metti allora i vari embed in un array, da cui richiami gli elementi con un indice random.

Codice PHP:
// pseudo codice:
$filmati = array("<embed 1>""<embed 2>""<embed 3>");

// PHP genera un numero casuale tra gli indici possibili:
$random rand(0count($filmati) - 1);

// nel punto della pagina in cui vuoi stampare l'swf casuale inserisci:
echo $filmati[$random];