A. Mi sono sempre trovato bene con webmeter ma da non molto ho scoperto reinvigorate e non è niente male. Altra alternativa, mi hanno parlato sempre bene di Google Analytics ma non l'ho ancora provato.
Ma tutti questi ovviamente non prendono in considerazione gli swf esterni, ma solo le pagine (html, php, asp, ecc...)

B. La cosa migliore è crearsi un piccolo db e poi, tramite php o asp, incrementare il conteggio ogni volta che viene caricato un swf esterno.