Così mi succede la stessa cosa: non la rimuove nemmeno se è vuota...
non capisco davvero cosa sbaglio...

$mynomefolder="US3R".$myid;
$cartella = "../../public/hpiu/".$mynomefolder."/";

$apertura = opendir($cartella);
$log = array();
while (false !== ($file = readdir($apertura)))
{
if (!is_dir($file))
{echo $cartella;
$log[] = $file;
unlink($cartella.$file);
}
}
closedir($apertura);