A me le operazioni sui file contenuti nella cartella tmp (ossia dove finiscono gli upload) hanno sempre dato "problemi", per esempio uno script per invio di email con allegato in upload non funziona con il file temporaneo, ma ha necessità che il file sia spostato all' "interno" del sito (e poi cancellato)... forse il tuo server soffre (o meglio, fa soffrire te) delle stesse (o simili) limitazioni.