Ora sono a lavoro ma molto velocemente ti posso dire che basta che fai un controllo sulla cartella e se ci son più di 3 file non fai partere lo script.
es/
Codice PHP:
if ($num_file>= 3)
{
echo"attenzione troppi file caricati non c'è più spazio";
}
else
{
script per caricare i file
}