Allora probabilmente sbagli qualcosa nello scompattare. Sei certo sia nella document root? hai provato ad aggiungere il file index.php all'url?
ho fatto solo un paio di giorni fa l'aggiornamento di phpmyadmin facendo esattamente le sole cose che hai detto:
scompattzione nella documentRoot, rinomina del file, inserimento della parola di codifica. No problem.