Usa quello con cui ti trovi meglio. Con java niente è obbligatorio (puoi benissimo fare tutto con il notepad), per cui, utilizza lo strumento con cui sei più familiare. Per me ad esempio eclipse è un mistero, utilizzo netbeans per tutto quel che è java, e dw per tutto il resto (css, xhtml, php): magari con dw è ancora più semplice gestire un progetto jsp ma non ci sono abituato e non penso che comincerò ad utilizzarlo per jsp.