probabilmente il fatto che si blocchi dipende solo dall'eccessivo carico di lavoro passato alla stampante virtuale

ti consiglio, se trasformi in PDF, di utilizzare altri programmi o in alternativa di dividere il carico di lavoro, poi esistono vari programmi (anche gratuiti) che uniscono i vari pdf in uno unico

se invece la tua necessità è proprio quella di trasformare in swf... ahimè ho il timore che non ci sia molto da fare... anche se potresti tentare un doppio passaggio, così

word >> stampante PDF virtuale >> FlashPaper

non è comunque detto che riesca a risolvere il problema, ma tentar non nuoce